Σεπτέμβριος 1987 – Σεπτέμβριος 1989: Ειδικευόμενος Ορθοπαιδικός στο 401 Γ.Σ.Ν.Α.
Σεπτέμβριος 1989 – Σεπτέμβριος 1992: Ειδικευόμενος Ορθοπαιδικός στο Νοσοκομείο Ατυχημάτων «Άγιος Παύλος», ΚΑΤ (δύο χρόνια στην Ε΄ Ορθοπαιδική Κλινική – Τμήμα Παθήσεων Σπονδυλικής Στήλης, έξι μήνες στο τμήμα Χειρουργικής Άκρας Χειρός και Μικροχειρουργικής και έξι μήνες στο Τμήμα Αθλητικών κακώσεων).
Σεπτέμβριος 1992 – Σεπτέμβριος 1993: Επιμελητής στην Β΄ Ορθοπαιδική Κλινική του Νοσηλευτικού Ιδρύματος ΜΤΣ.
Σεπτέμβριος 1994 – Ιανουάριος 1996: Διευθυντής Τμήματος Νοσηλείας του Τάγματος Υγειονομικού Νήσου Σάμου σε συνεργασία με την Ορθοπαιδική Κλινική του ΓΝΝ Σάμου.
Οκτώβριος 2002 – 2008: Διευθυντής Β΄ Ορθοπαιδικής Κλινικής 401 Γ.Σ.Ν.Α. 2008 – Ιούνιος 2016: Διευθυντής της Β΄ Ορθοπαιδικής Kλινικής του Nοσοκομείου ΙΑΣΩ General και του Kέντρου Aρθροσκοπικής Xειρουργικής και Χειρουργικής Ώμου.
Midterm outcomes of arthroscopic remplissage for the management of recurrent anterior shoulder instability. Brilakis E, Mataragas E, Deligeorgis A, Maniatis V, Antonogiannakis E. Knee Surg Sports Traumatol Arthrosc. 2016 Feb;24(2):593-600. doi: 10.1007/s00167-014-2848-1. Epub 2014 Feb 1.
Effect of cross exercise on quadriceps acceleration reaction time and subjective scores (Lysholm questionnaire) following anterior cruciate ligament reconstruction. Papandreou MG, Billis EV, Antonogiannakis EM, Papaioannou NA.J Orthop Surg Res. 2009 Jan 30;4:2. doi: 10.1186/1749-799X-4-2.
Lack of association between vitamin D and calcitonin receptor gene polymorphisms and forearm bone values of young Greek males. Charopoulos I, Trovas G, Stathopoulou M, Kyriazopoulos P, Galanos A, Dedoussis G, Antonogiannakis E, Lyritis GP.J Musculoskelet Neuronal Interact. 2008 Apr-Jun;8(2):196-203.
The effect of quadriceps contraction during weight-bearing on four patellar height indices. Yiannakopoulos CK, Mataragas E, Antonogiannakis E.J Bone Joint Surg Br. 2008 Jul;90(7):870-3. doi: 10.1302/0301-620X.90B7.20111
A comparison of the spectrum of intra-articular lesions in acute and chronic anterior shoulder instability. Yiannakopoulos CK, Mataragas E, Antonogiannakis E.Arthroscopy. 2007 Sep; 23(9):985-90
Lifestyle factors and forearm bone density in young Greek men. Kyriazopoulos P, Trovas G, Charopoulos J, Antonogiannakis E, Galanos A, Lyritis G.Clin Endocrinol (Oxf). 2006 Aug;65(2):234-8.
The triad knot: a new sliding self-locking knot. Yiannakopoulos CK, Hiotis I, Antonogiannakis E.Arthroscopy. 2005 Jul; 21(7):899.
Arthroscopic anterior cruciate ligament reconstruction using quadriceps tendon autograft and bioabsorbable cross-pin fixation. Antonogiannakis E, Yiannakopoulos CK, Hiotis I, Karabalis C, Babalis G.Arthroscopy. 2005 Jul;21(7):894.
Distal intramedullary nail interlocking: the flag and grid technique. Yiannakopoulos CK, Kanellopoulos AD, Apostolou C, Antonogiannakis E, Korres DS.J Orthop Trauma. 2005 Jul;19(6):410-4